唐高宗年間，汴州縣令汪子峰一家慘遭殺害，主人公狄仁杰被陷害含冤入獄。狄仁杰的隨從墨雨帶領(lǐng)百姓攔路求救于途徑此地的河南黜陟使閻立本，幾經(jīng)波折，閻立本答應(yīng)前往獄中見狄仁杰。
見了狄仁杰之后，閻立本知曉了汴州駐軍首領(lǐng)蕭朝天的種種惡行。正打算隨其一同前往衙門之時(shí)，狄仁杰被人劫走。此時(shí)蕭朝天威脅閻立本，并為其還原汪子峰一家被害“真相”。之后，狄仁杰破了蕭朝天隨從的追殺之后帶領(lǐng)二人趕往衙門。
閻立本在蕭朝天的威逼下反口咬認(rèn)狄仁杰是兇手，狄仁杰等人被押出門外處決，千鈞一發(fā)被閻立本攔下，并當(dāng)眾說出了蕭朝天才是兇手的真相，最終殺死了蕭朝天。
洗刷冤屈后狄仁杰與閻立本、紅巾藍(lán)綾兩姐妹辭行，與墨雨前往長(zhǎng)安參加王浩德義妹王昭燕婚禮，卻目睹了新娘王昭燕暴斃于婚禮現(xiàn)場(chǎng)的一幕。更令人震驚的是，新郎仇一帆竟是疑兇。
狄仁杰告訴眾人仇一帆不是殺害王昭燕的兇手令仇一帆放下心防，卻不想狄仁杰卻揭開了他殺了已懷孕的舊情人——常振風(fēng)的妹妹這一真相。并依江湖規(guī)矩讓常振風(fēng)殺了仇一帆報(bào)了殺妹之仇。
事后狄仁杰安慰王浩德，并接受閻立本的邀請(qǐng)，調(diào)查一宗皇室密殺案，協(xié)助王浩德、蔣昊辰破解御醫(yī)之死之謎�；噬舷铝钊罩畠�(nèi)查出真相，否側(cè)將處死武媚娘。為此，狄仁杰一行趕往感業(yè)寺。
在感業(yè)寺，狄仁杰見到了太醫(yī)的尸首，并為其自己掐死自己的死因震驚不已。其后，他在普世殿見到了武媚娘，并向其了解了事件原委。狄仁杰前去找尋慕容清幫忙，王浩德卻在搜尋普世殿時(shí)離奇出事。
慕容清用懸絲神針保住了王浩德的性命，卻解不了毒。一干人等再次求解媚娘，狄仁杰選擇相信媚娘，慕容清因此吃醋，上街買了一個(gè)藥鋪決心研制這種毒，卻被大理寺懷疑。兩個(gè)時(shí)辰后將被收押，狄仁杰開始為證明清子無罪奔波。
狄仁杰派墨雨常振風(fēng)保護(hù)慕容清，自己前往普世殿搜尋證據(jù)。在媚娘關(guān)心則亂的勸解中，狄仁杰冷靜思考，找到了王昭燕的耳環(huán)，斷定其沒死。而慕容清也在被捉壓前研制出了毒藥“捏死我的溫柔”的樣品，并說出了此毒與普世殿密殺一案有關(guān)。
感業(yè)寺內(nèi)，慕容清說出了王昭燕的假死真相以及紅塵六絕的厲害，狄仁杰也推測(cè)此案與王昭燕有關(guān)，并懷疑她有全城放毒的動(dòng)機(jī)，王昭燕被通緝。
閻立本勸狄仁杰退出此案，但狄仁杰不肯放棄暗中調(diào)查，跟隨常振風(fēng)一起去城隍廟打探紅塵六絕的秘密。蔣昊辰有天機(jī)堂的幫助，也同樣打探到了紅塵六絕的消息。
王昭燕回憶自己哥哥洛秋山被殺情景，在神秘人懷中發(fā)誓要讓仇人穿上“解鈴還須系鈴人”。狄仁杰和慕容清商量闖出城回藥王山莊找藥王姑姑幫忙，但是王昭燕搶先一步，在藥王谷給藥王姑姑穿上了“解鈴還須系鈴人”。
慕容清發(fā)誓要為姑姑報(bào)仇，和狄仁杰前往月河村找尋王昭燕。王昭燕承認(rèn)自己是洛紅塵的后人洛秋燕，并講述親哥哥洛秋山被殺經(jīng)過，求狄仁杰幫忙辨別兇手。狄仁杰成功破解三個(gè)兇手的招數(shù)，也承認(rèn)了藥王姑姑和王浩德確實(shí)是兇手。
同時(shí)王昭燕承認(rèn)自己殺害王浩德是受了秘密情人的委托，也回憶了在普世殿與王浩德發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)的經(jīng)過。王昭燕以長(zhǎng)安城百姓性命要挾，要狄仁杰盡快破解普世殿的秘密，找出滅唐復(fù)隋的寶藏。
狄仁杰早前在藥王山莊受傷時(shí)早已元?dú)獯髠�，二人趕回長(zhǎng)安途中，他求慕容清用玄絲銀針為其打通生死玄關(guān)�；氐介L(zhǎng)安二人早已成為通緝犯，不得以挾持閻立本才得以進(jìn)入普世殿，在武媚娘幫助下狄仁杰硬撐著找尋“春雨綿綿妻獨(dú)宿”的秘密。
另一邊，閻立本回宮尋求皇上幫忙，慕容清前往藥鋪研制救狄仁杰的解藥，卻沒想藥店老板竟是易容后的王昭燕。而皇后為了以絕后患親臨感業(yè)寺，下令要將媚娘燒死。
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